Mặc dù là một bản cập nhật quan trọng với một số tính năng mới như việc chia màn hình cùng việc vá lại các lỗ hổng bảo mật và sửa lỗi, chính bản thân iOS 9.3 cũng đang gặp phải một rắc rối khá khó chịu.
Theo đó, một số người dùng cho biết, sau khi nâng cấp lên iOS 9.3, họ không thể truy cấp vào bất cứ đường link nào, bất kể từ ứng dụng kèm máy (Mail, Messages hay Safari) hay các ứng dụng từ hãng hứ ba như Google Chrome.
Người dùng cho biết, khi nhấn vào một đường link, thiết bị của họ sẽ hoặc không phản hồi gì, hoặc sẽ vào trạng thái đơ và yêu cầu khởi động lại để có thể sử dụng bình thường.
Một số người dùng thông báo rằng họ đã sử đươc lỗi này bằng cách khởi động lại Java Script hay xóa các ứng dụng đang dùng extension từ Safari. Tuy nhiên, một số thiết bị vẫn chưa thể sửa được lỗi này.
Sau khi được thông báo, Apple cho biết đã lập tức kiểm tra lại bản cập nhật, và sẽ đưa ra một bản vá sửa lỗi trong thời gian sớm nhất.