PUA (Potentially Unwanted Applications) là những phần mềm không mong muốn thường được đóng gói và cài đặt kèm theo các chương trình miễn phí. Tuy không có gì gây nguy hại nhưng PUA có thể làm phức tạp hóa hiệu năng của hệ thống đến một mức độ đáng kể vì vô tình cài đặt nhiều phần mềm không cần thiết.
Theo Microsoft Defender Antivirus, một số trình cài đặt CCleaner hứa hẹn bản dùng thử 14 ngày và đóng gói theo các ứng dụng đi kèm, và nhiều trong số những PUA được cài đặt thực sự không cần thiết và làm ảnh hưởng tới hoạt động trên máy tính Windows của người dùng. Do đó, các trình cài đặt CCleaner đang bị liệt vào danh sách các ứng dụng không mong muốn. Cụ thể các ứng dụng thường đi kèm với CCleaner là Google Chrome, Google Toolbar, Avast Free Antivirus, AVG Antivirus Free. Và những trình diệt virus đi kèm nói trên có thể “tranh giành” và vô hiệu hóa việc bảo vệ hệ thống của Microsoft Defender Antivirus.
Để ngăn các PUA của CCleaner ảnh hưởng tiêu cực đến trải nghiệm người dùng Windows, Microsoft khuyên người dùng nên bật tính năng bảo vệ PUA. Khi được kích hoạt, Microsoft Defender Antivirus có thể tự động xác định và chặn các ứng dụng không mong muốn. Microsoft khuyến nghị người dùng không nên cài đặt các ứng dụng không mong muốn đi kèm với trình cài đặt CCleaner.
Trước đó, không chỉ Microsoft tố cáo CCleaner, Microsoft Answers cũng đã đưa vào danh sách đen các liên kết CCleaner không được đăng trên diễn đàn của họ.